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La comunidad cuenta con kínder en la cabecera y sus agencias, escuela primaria, secundaria y una escuela técnica que está validada como preparatoria. Las escuelas cuentan en su mayor parte con maestros mixtecos bilingües comprometidos con la educación de los niños y jóvenes de la comunidad. A pesar de las carencias que sufre Santa María Cuquila toda esta infraestructura se logró gracias a la unión de la comunidad en torno  a sus autoridades locales a través del trabajo colectivo de servicio para la comunidad, el conocido tequio comunitario. Las instalaciones escolares tienen baños y cuentan con todos los servicios. Asimismo la comunidad cuenta con un albergue infantil. Para cada nivel escolar se cuenta con grupos de padres y miembros de la comunidad que participan en el mejoramiento de la educación e inmuebles escolares a través de comités nombrados en las asambleas de todo el pueblo y sus agencias. Cada unidad educativa significó una larga lucha por parte de la comunidad ya que normalmente el estado Mexicano  desde hace treinta años   ha abandonado a todos los niveles el apoyo a la educación gratuita, bilingüe y de buen nivel a nivel nacional y especialmente con respecto de los pueblos indígenas y campesinos de México. Los donativos para libros, útiles escolares e infraestructura educativa en excelentes condiciones son bienvenidos.